DENOMINACIÓN Plataforma de Biología Computacional

DESCRIPCIÓN

Provee una visión global del análisis de datos siguiendo las buenas prácticas de investigación, desde el diseño experimental, análisis de datos, análisis estadístico, visualización, preparación de publicaciones de investigación, respuestas a los revisores y el depósito de los datos ómicos en bases de datos públicas. La Plataforma cuenta con más de 90 publicaciones en revistas de alto impacto como Science (Moore et al, 2015), Naturaleza (Knobloch et al, 2013; Ko et al, 2010; Kim et al, 2009; Kim et al, 2008), Nature Cell Biology (Ohnishi et al, 2014; Esch et al, 2013; Han et al, 2011), Cell (Han et al, 2010; Singhal et al, 2010; Kim et al, 2009), Cell Stem Cell (Rao et al, 2016; Song et al, 2016; Kubaczka et al, 2015; Han et al, 2012; Ko et al, 2009).

ÁMBITOS DE APLICACIÓN

Diagnóstico in vitro

Dispositivos electro medicos

Imagen médica

Salud digital

SERVICIOS OFRECIDOS POR EL ACTIVO

Análisis de datos de microarrays

La Plataforma lleva a cabo análisis de datos de microarrays de Affymetrix, Agilent, Illumina, Roche NimbleGen, entre otros, para: Expresión génica; Expresión de microRNAs; Metilación del ADN; Análisis de variación de número de copia (CNV).

Análisis de datos de secuenciación masiva NGS

-Secuenciación del genoma completo. -Transcriptoma basado en cADN, descubrimiento y análisis de pequeños RNA (RNA-Seq). -Secuenciación de fragmentos de ADN aislados por inmunoprecipitación cromosoma (ChIP-Sec) para la búsqueda de uniones al ADN de factores de transcripción y el análisis de señales de cromatina. -Descubrimiento de superenhancers. -Detección de metilación del ADN (Meth-Sec) tanto de secuenciación completa de bisulfito (WGBS) como de representación reducida de bisulfito (RRBS). - Variant calling.

Análisis de Imagen

Desarrollo de algoritmos de Inteligencia Artificial

ENTIDAD QUE GESTIONA EL ACTIVO

ENTIDAD QUE GESTIONA EL ACTIVO
Biodonostia Health Research Institute
Persona de contacto:
IIS Biodonostia
amaia.delvillar@biodonostia.org